《全元曲》是有元一代杂剧和散曲的集大成之作，同时也是古籍整理的一项重大工程。我们根据元曲研究的历史和现状，在编纂体例上作了如下安排。
首先，在“主体工程”即作家作品的选收上，我们主要把握了以下几项原则：（一）所选作品仅限于元代的杂剧和散曲，不包括南戏在内。（二）对于元明更迭之际的作家作品难以判定为元为明的，则尊重学界的共识以决定弃取。（三）《元刊杂剧三十种》为现存最早的一种元杂剧刊本，尽管其中不少剧本已残缺不全，但具有很高的文献价值，故亦作为正文或附录予以收录。（四）考虑到元曲的最高成就在杂剧的史实，对仅有杂剧佚目存世的曲家予以收录。（五）内容编排上，以作家为经、作品为纬。作家编次基本上依曹寅校辑的钟嗣成《录鬼簿》、贾仲明《录鬼簿续编》以及朱权《太和正音谱》的排名顺序，先排杂剧作家，后排散曲作家；对不见于上述诸书的个别作家，则斟酌其生活年代将其排列于适当位置；诸佚名曲作者（署无名氏）排于最后。作品编次为先杂剧后散曲。杂剧以完整剧本、残剧、佚目为序；散曲以完整曲文、残曲为序，先排小令，后排套数，对同一作家的同宫调、同曲牌（含异名）的作品进行归并。对作者不明或有争议的作品，则按编者认为较合理的说法归于某一作家名下，或互见于相关作家名下。
其次，在“配套工程”上，我们主要做了以下几个方面的工作，目的是帮助读者了解作家及其作品。（一）在作品前冠以作家小传，介绍其里居字号、简要生平、主要创作活动、所存作品以及前人对其人其作的重要评述等，一则满足读者“读其书，想见其为人”的心理要求，二则为深入理解其创作活动及其作品的思想内容提供必要的背景材料。（二）注释作品，以帮助读者读懂其内容。杂剧以折为单位出注，散曲原则上以每首小令或每套套数为单位出注。（三）杂剧后附以“本事”，汇集与剧情有关的文献资料，以使读者了解剧目之所本、剧情之渊源。末附“著录”与“版本”，分别胪列其剧目的历史文献和版本情况，旨在使读者窥见作品的存世及传流情况，以便按图索骥，进行深入研究。
总之，我们安排这样一个编纂体例，照顾了作家作品的方方面面，受到了读者的好评。
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